許多黴菌和細菌會造成植物病害。一般而言，植物病害的防治，較蟲害更為困難。因為它們和作物結合緊密，藥物防治常易傷害到作物本身，並且作物生長期內，黴菌和細菌可繁殖十數個世代，因此需要連續施藥，當傳染盛期，即使病徵未出現，也需要施用殺菌劑，某些經濟價值決定於外觀的作物，在種植而必須先以殺菌劑處理園圃，以防疾病出現。
目前使用的殺菌劑約有15O種，其中大部分是有機化合物，而它的作用是一種保護劑，防止孢子萌發，菌絲穿透入植物組織，所以要重複地施藥，以覆蓋作物新長出的部位，補充因沖刷而不足的藥量。
由於覆蓋殺菌劑的部位才能夠避免疾病的感染，所以殺菌劑施用時，均勻、完全的覆蓋非常重要，目前祇有少數新的殺菌劑是系統性的，其他殺菌劑在作物體內均無轉移作用。施用的方法可用撒粉式或噴霧式，而以噴霧式為佳。
◎一般農業上使用的殺菌劑，包括無機殺菌劑及有機殺菌劑兩類，茲分述如下：
（一）無機殺菌劑
1.硫:是最早使用的殺菌劑，至今仍舊常用於花圃中，它是以硫元素的形式使用，祇是做成的劑型不同，一般有粉劑、膠狀劑、可濕性粉劑等三種。微生物和硫粉接觸，硫元素進入細胞內電子傳遞系統，被還原成硫化氫，而與多種蛋白質結合，造成傷害而致死，當溫度高達25°C時，硫粉還有薰蒸的效用，這種效用對頑抗的露菌病菌特別有效。
2.銅劑:有多種無機銅鹽類都有殺菌作用，其中最有名的為波爾多劑，它是硫酸銅和石灰的混合物，在微生物細胞內和帶有-SH根的酵素蛋白質結合，使酵素失去效能，另外它在植物體上形成一層藥膜，阻止病原孢子發芽，祇是與酵素蛋白的結合，效果甚弱，因此項在發病前施用作為預防劑。由於銅離子對所有的植物細胞都會造成傷害，所以使用的藥量須要控制得宜。而且銅是植物生長所須的微量元素之一，長期使用容易造成在土壤內累積，而產生生理性的藥害，此點也須注意。
3﹒汞劑:二價的汞離于，對所有的細胞都有毒性，對殺菌作用力而言，它的效力極強，和細胞內帶有Fe及-SH根的酵素結合，使其失去功能，但由於它對哺乳動物的毒性高，以及在環境中的轉移累積而破壞生態，已被禁用。
（二)有機殺菌劑
近30年來有機殺菌劑漸漸取代了毒性大，且選擇性低的無機殺菌劑，合成的有機殺菌劑的優點有:效力強(故須要藥量少)，藥效長，對動物、作物及環境較安全。
l﹒有機硫黃劑:大都足在1930一1940年代發明的，至今它們的使用量 依舊最多。這些化合物分解生成異硫氰根(-N=C=S)與組成蛋白質的氨基酸分子上的—SH作用，使蛋白質失去功能，另外重金屬元素部分在細胞內與酵素蛋白質產生契合作用(Chelation)也促進殺菌效力。例如:
(l)富爾邦(Ferbam):保護性殺菌劑，能防治多種水果、瓜類及蔬菜的病害，藥害少，較遲效性，在空氣中易吸溼分解，減低藥效。
(2)錳乃浦(Maneb):具強力的保護作用，殺菌力亦強，對銹病及炭沮病有特效，對疫病及其他各種病害亦有優異的效果，廣用於多種果樹、蔬菜上。且對缺錳作物有利處。
(3)鋅乃浦(Zineb):也是強力保護殺菌劑，藥害小，防治對象與錳乃浦相似。
2.苯的衍生物:此類化合物殺菌的作用形式有多種，一般而言，它們可降低黴菌的生長速率及孢子發芽，其機制可能足和細胞內分子上的-NH及-SH根結合，例如:
(l)四氯異苯睛(大克寧Daconil):是一種防治對象廣泛，葉部使用的殺菌劑，用於果樹及蔬菜病害，具耐雨性，殘效性長，主要為保護作用。
(2)五氯硝苯(PCNB):為土壤殺菌及種子消毒劑，具選擇性，揮發性低，持續效果大，對十字花科根瘤病有特效，土壤處理殘效性長，粘重土壤應用多量。
3.含氮雜環類(Dicarboximides):這類化合物的化學結構上帶有-S-CCl3的部分是致黴菌毒素，因此它對黴菌的毒性並無專一性，適用的病害廣，並且作用形式不只一種。對於病原菌的傷害，可能是由於抑制了細胞內帶有-SH根的氨基酸及酵素的合成，屬這類的殺菌劑有:
(l)蓋普丹(Captan):為預防及治療劑，廣用作莖葉撒布、土壤消毒及種子處理，收穫後的浸漬或撒布。對果蔬、花卉病害效果良好，可用於果樹下蔬菜病害防冶。由於其具致腫瘤之特性，本國已禁止使用。
(2)四氯丹(Difolatan):為葉面撒布保護性殺菌劑，耐濕耐雨性大，殘效性比較長，貝滲透移行性。為增強效果，加入展著劑以增強殘效性。常用於果樹病害防治，工業上用為木材製品腐爛真菌的預防。本國已禁止使用。
(3)福爾培(Folpet):為保護性殺菌劑，可做莖葉撒布及土壤處理，對柑桔瘡伽病有特效，果樹、蔬菜、花卉亦適用，工業上用為製膠、紡織、塗料及紙類的殺菌劑。本國已禁止使用。
4.二硝基酚類:這類的化合物中也有作為殺蟲劑和除草劑用，它們的作用形式都相同，乃是干擾細胞內氧化磷酸化作用，而使能量無法合成，造成傷害。例如:白粉克(Dinocap):對花卉及蔬菜的白粉病有特效，因為此種病菌的孢子在無水情況下也可萌芽，而白粉克以蒸氣相作用於其上，故可予抑制。
5．有機錫劑:三苯烴錫(Duter):有防治真菌的效果，作用形式是阻礙細胞內的氧化磷酸化作用，封在來稻稻熱病效果特優，然而濃度過高易生藥害，須特別注意。
6.有機磷劑:
(l)喜樂松(Kitazin):為防治稻熱病的有機磷殺菌劑，兼有微弱的殺蟲效力，能抑制孢子形成及菌絲生長。保護效果佳而治療的效果較差，毒性低，可做空中撒布，藥害亦小。
(2)普得松(Plondrel):對白粉病的效果佳，具預防及治療作用，可用於花卉白粉病及一些果樹病害防治。
7.薰蒸劑:前面提過的氯化苦、糗化甲烷、滴滴滅、斯美地，在土壤處理時除了有殺蟲及殺線蟲的效用外，並能撲滅土壤中的病原菌，
8.抗生素:抗生素較一般的化學農藥有較高的選擇性及植物系統性，在極低濃度即可抑制微生物的生長。放射性菌屬(Actinomycetes)分泌多種抗黴菌抗生素，尤其是StreptomycesGriseus，產生的二種抗生素，效果甚佳。
(l)鏈黴素(Streptomycin):可以防治多種細菌性病害，例如蘋果和梨的枯萎病、葉菜類軟腐病以及一些苗木疾病，另外它對某些黴菌性的病害也有防治作用。作用形式乃是干擾微生物體內蛋白質的合成。
(2)環黴素(Cycloheximide):對多種生物具有毒性，包括酵母、黴菌、藻類、原生動物、高等植物及哺乳類，因無法滲透入細胞內，故對細菌無害，可以用來防治白粉病、銹病、枯萎病等。因毒性高，所以使用時必須小心中毒及避免藥害。
9.系統性殺菌劑:所謂系統性，即藥劑在植物體內能夠轉移而到達作用的部位。近來發展成功的數種系統性殺菌劑，除了能夠抑止病原菌感染的蔓延，還有治療的功效，並且由於具有系統性，施藥的要求較為簡單，即使沒有完全覆蓋，也可達到效果，有幾種甚至可以施於上壤中，由作物根部吸收，因此殘效性長。
(l)嘉保信(Oxycarboxin):可由根部吸收，土壤、莖葉或種子處理，尤其對於感染胚乳的黑穗病黴菌十分有效，並能防治黑穗病、銹病及擔子菌的Rhizoctonia引起的病害。作用形式乃是抑制菌體內水酸脫氫酵素(Succinic dehydrogenase)的作用而致傷害。
(2)免賴得(Benomyl):防治的病害範圍很廣，包括瓜類白粉病、水稻稻熱病、紋枯病及各種果樹病害，可用於種子、土壤及莖葉處理，並可以果實及苗木根部浸漬。它的作用形式乃是干擾核酸的合成，致使病菌的孢子萌發、細胞繁殖及生長無法正常進行。